1.0.5で早速トラップタワーを作ってみました。
湧き層はまいくらぺさんと同じようなものを石で作りました。
処理とアイテム輸送は以下のコマンドをいずれもコマンドブロックでリピートで動かします。
kill @e[type=!item,type=!player]
tp @e[type=item,rm=<コマンドブロックとアイテム回収地点の距離よりも小さく、湧き範囲との距離よりも大きな値>] <アイテム回収地点のx座標> <同じくy座標> <z>
湧いた瞬間処理するので理論上最高性能のはずです。湧き層はもうちょっと工夫できるかも。
(生まれて0.05秒で殺されるゾンビたちって・・・)